明朝万历年间,福州镇守太监卢胜对石梁桥进行重建。新建的桥有36个桥孔,长419.8米,但因桥孔很小,后被洪水冲毁。
明万历六年(1578年),福建巡抚庞尚鹏在原桥址上游2里处,重建石梁木面桥,东接高安山麓,西与洪山(洪塘之山)相连。洪山桥因江流湍急,木面易燃,历史上多次毁于水火。明清期间曾多次修缮。