毒物鉴定受技术限制
根据案发当天，接诊3名中毒儿童的巧家县中医院的病历显示，除小磊到医院后经抢救无效死亡外，另外两名儿童均被医院诊断为食物中毒，而其在之后的出院记录也均显示为食物中毒痊愈。
事发时的接诊医生胡某在接受检方复查调查时称，因为3名儿童在同一时间、同一地点出现类似症状，自己的最初判断为食物中毒，在之后的抢救和治疗中，也是针对食物中毒来进行的。胡某称，对事发儿童的体征及抢救状况回忆分析，其并不认为3名儿童是毒鼠强中毒。
当初对幼儿园厨房内物品进行毒物鉴定的巧家县公安局法医在接受检方调查时称，当时进行毒物鉴定主要是基于物理反应进行的，之后毒物鉴定又送到了昭通市公安局进行复查。对此，昭通市公安局负责复查毒物鉴定的法医罗某在接受检方复查调查时表示，钱仁凤案发时的检测技术水平差。此外，检方在对法医罗某进行询问时，曾提及当时的毒物检测方式从理论上讲能否判断为毒鼠强。法医罗某回答称，“当时的鉴定以现在的技术层面看是值得推敲的”。
作案动机或存疑问
在警方的认定中，与朱梅关系不好、“朱梅吼我”成为钱仁凤下毒的作案动机。钱仁凤供述，“因为想到朱梅不管我，还有那天吼我，我想让那些宝宝生病，朱梅就办不成(幼儿园)了。”对此，检方复查时曾询问钱仁凤，钱仁凤则解释称，“只有这种说法公安才会相信我。”
但案发后朱梅的证言显示，两人关系非常好，鉴于钱仁凤工作努力，朱梅还给她每月加了50元的工资。虽然事隔多年，但朱梅回答检方询问时仍然认为自己当时与钱仁凤的关系不错，警方将钱仁凤带走后，朱梅还曾表示诧异。朱梅未曾想到会是钱仁凤因为“怨恨”自己而报复投毒。
当时案发后，朱梅曾经向警方提供过其他嫌疑人的线索，2002年2月22日案发当天的笔录显示，警方曾经问及朱梅都与谁有过矛盾，当时朱梅曾提到一个被自己拒绝的追求者，双方曾发生过很大的不愉快。
对于朱梅提供的嫌疑人线索，警方是否都一一排查，当时办案民警李某在回答检方的复查时回答，“当时有好几个组，具体哪个小组去查就不知道了。”巧家县公安局刑侦队队长刘某也接受了检方的复查询问，但对嫌疑人排查，他同样没给出正面回答。“当时市局也派人到现场指挥，安排我做哪块工作，我就做哪块工作，其他的并不清楚”。巧家县公安局刑侦大队中队长李某在接受检方询问时回答，“当时的分局很重视这起案件，昭通市公安局也派人下来了，印象中是从作案时间、矛盾冲突以及动机开始排查，最后确定是(钱仁凤)。”
