核心区域
主打金融贸易牌
按照规划，自贸试验区核心区域包括两岸贸易中心核心区、东南国际航运中心海沧港区。其中，两岸贸易中心核心区的产业布局又分成四个功能区：国际贸易综合发展区、邮轮母港配套区、金融商务服务区及临空产业集聚区。
值得一提的是，位于高崎国际机场北侧区域及空港片区西南侧枋钟路的金融商务服务区，将重点发展跨境金融服务、航运金融、物流金融、贸易金融、融资租赁、金融交易市场、跨境电子商务等，着力推进两岸金融服务和金融创新，实现人民币自由兑换，成为两岸区域性金融中心建设的重要突破口和有效抓手；发展法律、会计、咨询、社会服务、文化创意、信息消费等服务，成为新兴服务业先行先试的试验田。
规划提出，两岸贸易中心核心区将结合邮轮母港、两岸贸易中心建设，打造一批主题式高品质商务办公载体，形成相对集聚的金融功能区、总部功能区、贸易功能区等，同时配置商业、文化、休闲等多元功能业态，打造城市综合体。此外，还将置换建设保税物流园区B区，发展融资租赁、文化保税展示交易等功能区。同时，还将整合区内仓储用地，引导汽车4S店等搬迁到岛外，进行产业更新。
物流配置是重点
东南国际航运中心海沧港区的功能定位为重点发展国际航运服务、现代物流、离岸服务、大宗商品交易、转口贸易、电子商务、服务外包、高端制造等产业，打造成为具有全球航运资源配置能力、对区域经济带动力强的“21世纪海上丝绸之路”重要的集装箱枢纽港。其中，根据产业布局，分成了两个功能区：航运物流集聚区、临港产业发展区、新兴服务业集聚区。
其中值得一提的是，位于角嵩路以北区域的新兴服务业集聚区，将大力发展服务外包、电子商务、研发设计、检测维修等生产性服务业，吸引企业总部、创新性研发中心和技术服务中心、创业孵化器等总部经济或服务机构入驻，引导两岸青年到区内创新创业发展，同时建设两岸青年创业基地。
